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[QUOTE="jesuisperdue, post: 595921"]
la matière s'appel modélisation mathématique
Niveau BUT 2ème année
Je suis sensé le rendre aujourd'hui mais au vue des circonstances je le rendrais demain ou ce weekend au plus tard car on est par groupe de 4 mais je suis la seul à travailler, a essayer de comprendre... 
le sujet : 
L’objectif de ce travail est de développer un modèle spatialisé reproduisant le contexte expérimental de la SAE,
à savoir une espèce bactérienne (Bacillus subtilis) ensemencée en masse dans un milieu gélosé et une autre
espèce (Escherichia coli) déposée en surface, à un endroit précis, émettant une molécule diffusive inhibant la
croissance de B. subtilis.
Les bases de ce modèle sont présentes dans le script issu du TP 2 (Modèle spatialisé, deux espèces en symbiose),
qu’il faudra modifier pour:
• initialiser la simulation dans des conditions proches de l’expérience (E. Coli au centre, B. subtilis partout)
• modéliser seulement une compétition entre les deux espèces, pas de symbiose
• modéliser l’émission d’une molécule inhibitrice par E. coli.
• modéliser la diminution du taux d’accroissement de B. subtilis en présence de la molécule inhibitrice.
Le script sur le quel on devait ou on doit se basée je l'ai donnée précédemment voici celui que j'ai fais :

##############Script final####################

#Paramètres

tailledelenvironnement=50
nombredepasdetemps=50
Diffusion_inhib=1
Production_inhib=0.5
Betadep_inhib=2000
Degrad_inhib=0.2

vec=rpois(n=(tailledelenvironnement+2)^2, lambda=10)

PopBS=matrix(vec, nr=tailledelenvironnement+2, nc=tailledelenvironnement+2)

PopBS[1,]=0

PopBS[tailledelenvironnement+2,]=0

PopBS[,1]=0

PopBS[,tailledelenvironnement+2]=0

PopEC=matrix(vec,nr=tailledelenvironnement+2, nc=tailledelenvironnement+2)

PopEC[1:22,]=0

PopEC[27:tailledelenvironnement+2,]=0

PopEC[,1:22]=0

PopEC[,27:tailledelenvironnement+2]=0

inhib=matrix(0,nr=tailledelenvironnement+2, nc=tailledelenvironnement+2)

inhib[1,]=0

inhib[tailledelenvironnement+2,]=0

inhib[,1]=0

inhib[,tailledelenvironnement+2]=0

par(mar=c(0,0,0,0), mfrow=c(1,1))

col1=rgb(1,1,10:0/10, alpha=0.5)

col2=rgb(10:0/10,1,1, alpha=0.5)

image(PopBS, zlim=c(0,150),col=col1)

image(PopEC, zlim=c(0,150),col=col2,add=TRUE)

#Fonction pour la croissance de bacillus

next_n_bacillus=function(b,nt_coli, nt_bacillus,c_inhib,r,K){
  
  nt_bacillus*exp(-b*c_inhib)+nt_bacillus*r*(1-(nt_coli+nt_bacillus)/K)
  
}

#Fonction pour Ecoli

next_n_coli=function(nt_coli, nt_bacillus,r,K){
  
  nt_coli+nt_coli*r*(1-((nt_coli+nt_bacillus)/K))
  
}

coordrel=data.frame(ligne=c(-1,-1,-1,0,0,1,1,1), colonne=c(-1,0,1,-1,1,-1,0,1))

coordrel

for(t in 1:nombredepasdetemps){
  
  inhib_precedente=inhib
  
  PopEC_precedente=PopEC
  
  PopBS_precedente=PopBS
  
  for(i in 2:(tailledelenvironnement+1)){
    
    for(j in 2:(tailledelenvironnement+1)){
      
      effectif1=next_n_bacillus(nt_bacillus=PopBS_precedente[i,j],nt_coli=PopEC_precedente[i,j],r=0.25,K=150, b=Betadep_inhib, c_inhib=inhib_precedente[i,j]) 
      
      effectif2=next_n_coli(nt_coli = PopEC_precedente[i,j],nt_bacillus = PopBS_precedente[i,j],r=0.25,K=150)
      
      PopBS[i,j]=rpois(n=1,lambda=effectif1)
      
      PopEC[i,j]=rpois(n=1,lambda=effectif2)
      
      inhib[i,j]=inhib_precedente[i,j]*(1-Degrad_inhib)+PopEC_precedente[i,j]*Production_inhib
      
    }
    
  }
  
  inhib_precedente=inhib
  
  PopEC_precedente=PopEC
  
  PopBS_precedente=PopBS
  
  for(i in 2:(tailledelenvironnement+1)){
    
    for(j in 2:(tailledelenvironnement+1)){
      
      #Dispersion de l'inhibiteur 
      
      Dispersants_inhib = inhib_precedente[i,j]*Diffusion_inhib/8
      
      for(k in 1:8){
        
        inhib[i+coordrel[k,1],j+coordrel[k,2]]= inhib[i+coordrel[k,1],j+coordrel[k,2]]+Dispersants_inhib
        
      }
      
      inhib[i,j]=inhib[i,j]-inhib_precedente[i,j]*Diffusion_inhib
      
      #Dispersion d'Ecoli 
      
      nombrededispersants=rbinom(1,size=PopEC_precedente[i,j],prob=0.01)
      
      if(nombrededispersants>0){
        
        for(m in 1:nombrededispersants){
          
          casedarrivee=sample(1:8,size=1)
          
          PopEC[i+coordrel[casedarrivee,1],j+coordrel[casedarrivee,2]]= PopEC[i+coordrel[casedarrivee,1],j+coordrel[casedarrivee,2]]+1
          
          PopEC[i,j]=PopEC[i,j]-1
          
        }
        
      }
      
      #Dispersion de bacillus
      
      nombrededispersants=rbinom(1,size=PopBS_precedente[i,j],prob=0.1)
      
      if(nombrededispersants>0){
        
        for(m in 1:nombrededispersants){
          
          casedarrivee=sample(1:8,size=1)
          
          PopBS[i+coordrel[casedarrivee,1],j+coordrel[casedarrivee,2]]= PopBS[i+coordrel[casedarrivee,1],j+coordrel[casedarrivee,2]]+1
          
          PopBS[i,j]=PopBS[i,j]-1
          
        }
        
      }
      
    }
    
  }
  
  PopEC[1,]=0
  
  PopEC[tailledelenvironnement+2,]=0
  
  PopEC[,1]=0
  
  PopEC[,tailledelenvironnement+2]=0
  
  PopBS[1,]=0
  
  PopBS[tailledelenvironnement+2,]=0
  
  PopBS[,1]=0
  
  PopBS[,tailledelenvironnement+2]=0
  
  inhib[1,]=0
  
  inhib[tailledelenvironnement+2,]=0
  
  inhib[,1]=0
  
  inhib[,tailledelenvironnement+2]=0
  
  Sys.sleep(0.05)
  
  col1=rgb(1,1,10:0/10, alpha=0.5)
  
  col2=rgb(10:0/10,1,1, alpha=0.5)
  
  image(PopBS, zlim=c(0,150),col=col1) 
  
  image(PopEC, zlim=c(0,150),col=col2,add=TRUE)
  
}
[/QUOTE]

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