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Message: [QUOTE="Infos, post: 595894"] J'ai trouvé ça, vous pouvez toujours essayer, à voir, je ne suis pas expert, c'est une trouvaille... sizeenvironment=50 r1=0.25 # Taux de croissance de pop1 (Bacillus subtilis) r2=0.30 # Taux de croissance de pop2 (E. coli) - peut être différent K=500 dt=0.1 a21=1 # Impact de pop2 sur pop1 (sera modifié par l'inhibiteur) a12=1 # Impact de pop1 sur pop2 (pour l'instant, on peut le laisser, ou le modifier aussi si besoin) tauxdispersion=0.5 dureesimulation=100 # Paramètres pour la molécule inhibitrice taux_production = 0.1 # Production par individu de pop2 taux_degradation = 0.05 # Dégradation naturelle de la molécule taux_diffusion = 0.2 # Diffusion de la molécule beta = 0.01 # Sensibilité de pop1 à la concentration de l'inhibiteur # Initialisation population pop1=matrix(rpois(n=(sizeenvironment+2)^2, lambda=1), ncol=sizeenvironment+2, nrow=sizeenvironment+2) pop1[1,]=0 pop1[sizeenvironment+2,]=0 pop1[,1]=0 pop1[,sizeenvironment+2]=0 pop2=matrix(rpois(n=(sizeenvironment+2)^2, lambda=1), ncol=sizeenvironment+2, nrow=sizeenvironment+2) pop2[1,]=0 pop2[sizeenvironment+2,]=0 pop2[,1]=0 pop2[,sizeenvironment+2]=0 # Initialisation de la concentration de la molécule inhibitrice inhibiteur = matrix(0, ncol=sizeenvironment+2, nrow=sizeenvironment+2) # Représentation graphique par(mar=c(0,0,0,0)) par(mfrow=c(1,1)) echelle1 = rgb(1, seq(1,0,-0.1), 1) echelle2 = rgb(1, 1, seq(1,0,-0.1), alpha=0.5) echelle_inhibiteur = heat.colors(100) # Palette pour visualiser l'inhibiteur # Fonction de croissance pour pop1, affectée par l'inhibiteur next_n1=function(N1, N2, r1, K, dt, inhibiteur_local, beta){ # Utilisation de la fonction de mortalité suggérée mortalite = N1 * beta * inhibiteur_local * dt croissance = N1 * r1 * (1 - (N1 + N2)/K) * dt return(N1 - mortalite + croissance) } # Fonction de croissance pour pop2 (pour l'instant, compétition simple) next_n2=function(N2, N1, r2, K, dt, a12){ return(N2 + N2 * r2 * (1 - (N1 + N2)/K) * dt) } # Tableau coordonnées coord=data.frame(x=c(-1,-1,-1,0,0,1,1,1), y=c(-1,0,1,-1,1,-1,0,1)) # Boucle temps for(t in seq(0, dureesimulation, dt)){ copie_pop1=pop1 copie_pop2=pop2 copie_inhibiteur=inhibiteur # Mise à jour de la concentration de la molécule inhibitrice for(i in 2:(sizeenvironment+1)){ for(j in 2:(sizeenvironment+1)){ # Production par pop2 inhibiteur[i,j] = inhibiteur[i,j] + copie_pop2[i,j] * taux_production * dt # Dégradation inhibiteur[i,j] = inhibiteur[i,j] * (1 - taux_degradation * dt) # Diffusion (approche simple : on répartit une proportion aux voisins) perte_diffusion = copie_inhibiteur[i,j] * taux_diffusion * dt inhibiteur[i,j] = inhibiteur[i,j] - perte_diffusion voisins = cbind(i + coord$x, j + coord$y) voisins_valides = voisins[voisins[,1] > 1 & voisins[,1] < sizeenvironment+2 & voisins[,2] > 1 & voisins[,2] < sizeenvironment+2,] for(k in 1:nrow(voisins_valides)){ inhibiteur[voisins_valides[k,1], voisins_valides[k,2]] = inhibiteur[voisins_valides[k,1], voisins_valides[k,2]] + perte_diffusion / nrow(voisins_valides) } } } inhibiteur[1,]=0 inhibiteur[sizeenvironment+2,]=0 inhibiteur[,1]=0 inhibiteur[,sizeenvironment+2]=0 for(i in 2:(sizeenvironment+1)){ for(j in 2:(sizeenvironment+1)){ # Croissance de pop1 affectée par l'inhibiteur effectif1=next_n1(N1=copie_pop1[i,j], N2=copie_pop2[i,j], r1, K, dt, inhibiteur[i,j], beta) pop1[i,j]=rpois(n=1, lambda=max(0, effectif1)) # On s'assure que lambda est non négatif # Croissance de pop2 (compétition simple pour l'instant) effectif2=next_n2(N2=copie_pop2[i,j], N1=copie_pop1[i,j], r2, K, dt, a12) pop2[i,j]=rpois(n=1, lambda=max(0, effectif2)) # On s'assure que lambda est non négatif } } # Dispersion de pop1 copie_pop1=pop1 for(i in 2:(sizeenvironment+1)){ for(j in 2:(sizeenvironment+1)){ ndispersants=rbinom(n=1, size=copie_pop1[i,j], prob=tauxdispersion*dt) if(ndispersants>0){ for(k in 1:ndispersants){ case=sample(1:8, size=1) pop1[i+coord$x[case], j+coord$y[case]]=pop1[i+coord$x[case], j+coord$y[case]]+1 } pop1[i,j]=pop1[i,j]-ndispersants } } } pop1[1,]=0 pop1[sizeenvironment+2,]=0 pop1[,1]=0 pop1[,sizeenvironment+2]=0 # Dispersion de pop2 copie_pop2=pop2 for(i in 2:(sizeenvironment+1)){ for(j in 2:(sizeenvironment+1)){ ndispersants=rbinom(n=1, size=copie_pop2[i,j], prob=tauxdispersion*dt) if(ndispersants>0){ for(k in 1:ndispersants){ case=sample(1:8, size=1) pop2[i+coord$x[case], j+coord$y[case]]=pop2[i+coord$x[case], j+coord$y[case]]+1 } pop2[i,j]=pop2[i,j]-ndispersants } } } pop2[1,]=0 pop2[sizeenvironment+2,]=0 pop2[,1]=0 pop2[,sizeenvironment+2]=0 Sys.sleep(0.1) image(pop1, breaks=c(0,1,2,4,8,16,32, 64, 128, 256, 512, 1024), col=echelle1) image(pop2, breaks=c(0,1,2,4,8,16,32, 64, 128, 256, 512, 1024), col=echelle2, add=TRUE) # Affichage de la concentration de l'inhibiteur (optionnel) # image(inhibiteur, col=echelle_inhibiteur, add=TRUE, alpha=0.3) } [/QUOTE]

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